教師研究發展領域包含：食品加工與工程、食品化學與分析、營養與保健食品、微生物與食品生技、食品安全與衛生等領域，充分涵蓋食品各種需求。特色研究團隊包括:海藻研究、幾丁聚醣研究、貝類機能性成分研究、奈米技術在生物科技應用研究等，計畫申請補助每年約有3,500萬元研究經費。
在產業實務應用方面，本系強調食品科技在傳統與新世代水產資源開發利用之特色，包括新興養殖魚與低利用生物資源之加值利用(如箱網海鱺、養殖烏魚、海藻酒品與飲料、蝦蟹殼廢棄物等)、食品安全與品質之管理(HACCP 、CAS與ISO 22000認證、食品病原菌檢驗、回溯制度、電解水殺菌以及食品物流管理等)、保健機能性食品及保養品之開發(如貝類、藻類、魚油修飾、魚肉水解物、保健化粧品、益生菌與養生藥膳水產品等)、海洋素材抗日本腦炎病毒和腸病毒等疫苗研究、魚類生化學研究(如水產品生化學組成、海洋生物毒、飛魚生化特性、盲鰻生化特性等)以及幾丁聚醣和褐藻醣膠奈米化與基因工程技術等前瞻科技在水產品之應用。
食品加工與工程
- 水產品開發
- 穀類產品開發
- 水產廢棄物應用
- 發酵食品
- 高壓食品開發
- 重組蛋白的生產與純化
- 銀髮族食品開發
- 乳化技術產品研發
食品化學與分析
- 產品成分分析
- 食品微生物檢測
- 海洋毒化物檢測
- 食品中有害物質分析
- 保健成分定量分析
- 摻偽食品分析
- 食品動物與細胞實驗平台：免疫活性評估、安全性評估
營養與保健食品
- 機能性產品開發輔導
- 機能性食品功能性檢測
- 有效成份的萃取及改質
- 海藻生技產業開發
- 疾病與營養
微生物與食品生技
- 發酵食品工程
- 奈米粒及微米粒製備
- 功能性薄膜的製備及性質
- 幾丁質幾丁聚醣的應用
- 藻類多醣分解酵素的分離,純化,與乳酸菌等之海藻生物精煉整合應用
- 海藻多醣酵素分解萃取生產技術
- 免疫調節之海藻保健食品
食品安全與衛生
- 食品物流的輔導
- 食品冷鏈的規劃
- 食品風險管理與分析
- HACCP與ISO22000的輔導
產學合作
最高學歷：美國普渡大學博士
學術專長：食品微生物、食品生物技術
研究特色：益生菌酵母菌、靈芝及功能性發酵產品研發
產學合作：具調節代謝的發酵蝦殼、豆粕、咖啡渣等農產及加工副產品加值應用、益生菌或功能性酵母菌
最高學歷：美國愛荷華卅立大學博士
學術專長：蛋白質工程、基因工程
研究特色：開發重組酵素以生產功能性稀有糖及寡糖
產學合作：功能性稀有糖及寡糖的生產
最高學歷：國立臺灣海洋大學博士
學術專長：生物聚合物、食品加工、流變學
研究特色：食品加工技術、幾丁質幾丁聚醣製備與應用、生物聚合物的應用
產學合作：幾丁質幾丁聚醣相關產品的研發、水產食品的研發、水產食品原料製程開發、甜菊醣苷的萃取與純化
最高學歷：國立臺灣大學博士
學術專長：食品奈米生技、食品在生技的應用、生醫材料、傳輸系統
研究特色：將海洋活性成分 (例如：幾丁聚醣、藻類多醣) 及食品多醣 (例如：蒟蒻) 應用於保健及醫療產業，以開發其新的應用，並提升其附加價值。
- 藻類多醣萃取方法的探討及條件的最佳化
- 藻類多醣微針的製備及性質探討，應用於皮膚癌治療及美妝品產業
- 藻類多醣複合薄膜、水膠、溫感型材料、奈米纖維膜等的開發, 應用於傷口敷料、面膜、食品包裝膜等
- 幾丁聚醣奈米/微米粒的開發, 應用於食品有效成分的包覆及傳輸
- 幾丁聚醣/藻類多醣複合奈米粒開發, 應用於藥物控制釋放及靶向傳遞系統
產學合作：
- 藻類多醣微針於美白及抗老化的成果: 本團隊是全球開發藻類微針的第一團隊
- 功能性藻類複合薄膜作為傷口敷料的成果
- 功能性藻類複合薄膜作為面膜於美白及抗老化的研究成果
- 幾丁聚醣奈米粒包覆食品有效成份並調控其釋放的成果
最高學歷：美國科羅拉多州立大學博士
學術專長：冷凍食品加工、烘焙學、風味化學
研究特色：無麩質米蛋糕開發、真空油炸小卷及水產品零食應用
產學合作：可協助技轉無麩質米山藥蛋糕製作、真空油炸小卷、水產品零食技術技轉
最高學歷：加拿大麥基爾大學博士
學術專長：真空微波技術、活性胜肽、蔬果加工
研究特色：食品中活性胜肽機能性研究、食品活性成分分析、蔬果產品加工
產學合作：活性胜肽機能性產品開發、食品保存期限評估、食品活性成分萃取與鑑定、農漁產品研究與開發
最高學歷：荷蘭瓦赫寧根大學博士
學術專長：食品品質管理、食品安全管理、食品物流管理
研究特色：食品安全數據科學研究、食品工廠衛生管理研究、水產食品中毒預防研究
產學合作：食品保存期限評估、食品安全風險評估、冷鏈診斷及管理、抗菌試驗、HACCP
最高學歷：英國杜倫大學博士
學術專長：細菌抗藥性、微生物發酵、酵素動力學、香氣化合物
研究特色：篩選海藻機能性物質之轉運幫浦抑制劑功效研究
產學合作：篩選及機制探討海藻內具調節抗生素功效之物質
最高學歷：國立臺灣海洋大學博士
學術專長：蛋白質體學、食品化學、水產化學
研究特色：電解水、超高壓殺菌技術及機制研究、定量蛋白質體於食品加工及安全之應用、優質水產品保鮮技術之實踐與應用、優化真空低溫油炸技術生產水產品、兼顧水產動物福利生產優鮮水產品、欄柵非熱加工應用於水產品可行性評估
產學合作：電解水、超高壓殺菌技術研究、優質水產品保鮮技術之實踐與應用、優化真空低溫油炸技術生產水產品、兼顧水產動物福利生產優鮮水產品、欄柵非熱加工應用於水產品可行性評估
最高學歷：美國羅德島大學博士
學術專長：藥物化學 生物有機化學
研究特色：有機化學合成具生理活性化合物
產學合作：有機化學合成
最高學歷：國立陽明大學博士
學術專長：營養學、細胞生物學、新產品開發
研究特色：水產多醣、胜肽及脂質之保健機能研究
產學合作：高齡食品開發
最高學歷：國立臺灣海洋大學博士
學術專長：食品加工、超高壓加工技術
研究特色：魚與藻蛋白質中生產具調節血壓與血糖與膽固醇之活性胜肽、軟骨中二型膠原蛋白的萃取與純化
產學合作：魚與貝類萃取精華(如魚精與淡菜精)及膠原蛋白與活性胜肽萃取、生產及純化
最高學歷：國立臺灣大學博士
學術專長：微生物學、免疫藥理學
研究特色：藻類多醣及寡醣之製備、天然物免疫調節及減緩過敏活性評估、奈米劑型及黏膜遞送系統開發
產學合作：藻類多醣及寡醣之製備、天然物免疫調節及減緩過敏活性評估、奈米劑型及黏膜遞送系統開發
最高學歷：菲律賓瑪布亞大學博士
學術專長：天然物化學、炮製學、食品化學、分析化學
研究特色：微生物燃料電池篩選中草藥抗病毒與能量轉換之應用、生技藥妝、機能性食品活性成分開發
產學合作：保健食品的活性成分原料萃取純化及製程開發、健康食品安全與功效評估
最高學歷：日本東京大學博士
學術專長：食品工程、食品高壓處理、食品冷凍、食品官能品評
研究特色：以電子舌進行食品之風味分析
產學合作：協助業者建立產品之風味地圖
最高學歷：國立臺灣大學博士
學術專長：食品加工、食品化學、生物分離純化、營養成分動力學
研究特色：營養成分動力學、新穎食品加工、水產加工自動化製程、水產加工副產物再利用開發
產學合作：機能性成分之吸收率評估、食品加工製程改良、水產初級加工製程自動化、水產加工副產物再利用開發、加工製程耗能及碳排評估
最高學歷：中原大學化學工程博士
學術專長：食品加工、食品化學、食品安全、食品3D列印技術
研究特色：食品廢棄物生成量子點機制研究並應用於食品有害物質感測、食品廢棄物應用於食品高速4D列印技術開發
產學合作：超微量食品有害物質感測材料與快篩技術開發、食品高速4D列印技術開發
最高學歷：國立臺灣大學博士
學術專長：食品微生物 微生物體學
研究特色：開發具高產酵素菌種以改善固態發酵工程、本土保健益菌生活性探討及產品開發、次世代益生菌活性探討及發酵技術研發
產學合作：委託保健食品開發、委託動物試驗、乳酸菌菌種鑑定與分離、微生物固態發酵相關產品開發
最高學歷：中國醫藥大學博士
學術專長：食品與營養保健、神經退化性疾病預防、營養生化、營養與生殖系統
研究特色：質化素對於神經退化性疾病和青春期發育之研究
產學合作：細胞和動物相關之神經退化性疾病和青春期發育模式