為因應社會及產業多元化發展，並鼓勵學生有系統的修習跨領域課程，增加多元學習之機會，本校於88年1月5日發布通過「國立臺灣海洋大學學程設置準則」。本校各教學研究單位得視其教學研究發展需求，設置具有整合性之跨院、系（組）、所學分學程或學位學程。103年10月統計本校有34個跨領域學分學程，以及中學、小學教育學程提供給本校學生修習。本學院設有生物技術學程（89學年成立）、海洋生物多樣性學程（92學年成立），有6點特色：
- 本學院學程已取消「修習申請」的階段，只要取得「足夠的學分」即可以申請「證書」。
- 凡本校大二以上學生均可修讀，學程有許多課程與學系可以同時抵免，不影響學生本科系之畢業學分。
- 學生修畢學程規定的24學分數就可以申請學程證書，不限定應屆畢業生。截止106學年度結束，已分別有171人（生技學程）、197人（海生學程）取得證書。
- 若未能在大學畢業前取得證書資格，並不影響學生畢業資格。學生可以選擇放棄學程證書或在本校就讀研究所時繼續修讀學程之課程，以取得學程證書。
- 學程證書每年8月開放申請，隔年4月及7月辦理審查，申請時間自由且充裕。
※依據107年4月30日海洋生物多樣性學程委員會議決議：自108學年度起即不再受理修習申請，113學年度結束本學程所有業務。本學程證書申請最後1次申請期限至113年6月30日止。
國際學分學程（全英語授課）
臺灣過去廿年大量增設生命科學或生物科技相關學系與研究所，同質性高故缺乏明顯特色。綜觀臺灣四面環海之環境與海洋生物科技對國家經濟民生的重要性，極具發展海洋特色的高階生物科技教學與研究的潛力，本校是臺灣海洋相關教育與研究的最高學府，在水產養殖生物及海洋生物領域的教學及研究上在國際學術界占極重要角色，校園緊鄰深層海洋，佔有發展海洋相關研究之絕佳地理位置。
海洋生物資源的生產與利用是近期至未來科技發展的重要趨勢，但因全球氣候變遷已嚴重干擾海洋生態系的運作，故如何利用現有之海洋環境、生物生態等基礎知識，甚至進入應用在海洋環境及海洋生物的維持及保育，以達到資源生態永續是相當迫切的任務。考量國際化是全國高等教育當今的重要課程，為吸引更多國際學生就讀本校，同時培育本國學生跨領域專業能力，因此結合本校生命科學院及海洋科學與資源學院之全英語課程成立「海洋生物科技及環境生態永續國際學分學程」，並於110學年度開始受理申請。
生物技術學程資料來源:生命科學院學程資訊